中東6カ国がカタールと国交断絶を発表したことで、航空・海運業界にも影響が及んでいる。 該当6カ国のうちUAE、バーレーン、サウジアラビア、エジプトの主要航空会社では、カタール発着便の運航を取りやめ、貨物受託を停止した。これまでに運航の中止を発表しているのは、エミレーツ航空、エティハド航空、エア・アラビア、フライドバイ、バーレーンのガルフ航空、サウジアラビア航空。 一方のカタール航空も4カ国向けの旅客便、貨物便を全面休止した。日本初ドーハ経由4カ国向けの輸送途中の貨物は、ドーハで留め置かれている状況である。該当4カ国向け以外の中東便は通常通り運航している。
海運では、バーレーン、サウジアラビア、UAEがカタールからの船舶の入港を禁止する措置を打ち出し、他の中東諸国も同様の措置をとる見方が強い。これによって、コンテナ船、タンカー、自動車船などの配船を見合わせる可能性が高く、既に船社はカタール向けの新規ブッキングの受け付けを停止している。 「カタール－断交国」の物流が動かなくなることで、「カタール‐非断交国」へのシフトが予想されている。中東キャリアで部品補給を受けていた日系メーカーが、欧州経由の輸送を検討する動きが既にみられている。また、カタール発着便が限定されることで航空運賃が高騰し、間接的にその他の路線にも影響が及ぶ可能性も指摘されている。